Le préfet reste le « dépositaire de l’autorité de l’État dans le département ». Il demeure responsable de l’ordre public : il détient des pouvoirs de police qui font de lui une « autorité de police administrative ». Il est le représentant direct du Premier ministre et de chaque ministre dans le département. Assistés des chefs des services départementaux de l’État, il met en œuvre les politiques gouvernementales de développement et d’aménagement du territoire.

Quant au préfet de région, il s’agit du préfet du département dans lequel se situe le chef-lieu de la région. À cet égard, dans ce département, ses prérogatives sont celles d’un préfet de département. Au titre du décret de 2010 précité, il a autorité sur les préfets des autres départements composant la région, hormis dans certaines matières spécifiques.

Le préfet de zone est responsable de la préparation et de l’exécution des mesures de sécurité nationale au sein de la zone de défense et de sécurité qui comprennent à la fois des mesures en matière de sécurité civile, de sécurité intérieure et de sécurité économique.
Rennes étant le chef-lieu de la région et le siège de la zone de défense et de sécurité Ouest (Bretagne, Normandie, Pays-de-la-Loire, Centre), le préfet d’Ille-et-Vilaine est également préfet de région et préfet de zone de défense. Dans l’exercice de ses missions, il s’appuie sur la préfecture de région , la préfecture de zone de défense et la préfecture de département.